Der Einsatz für Menschen in Not gehört zum Kern des Evangeliums. Das Neue Testament spricht hier eine klare Sprache, wenn Jesus im Gleichnis vom Weltgericht sagt: "Ich war fremd und obdachlos, und ihr habt mich aufgenommen" (Mt 25,35). Von daher ist die Hilfe für Menschen auf der Flucht und auf der Suche nach Asyl eine unverhandelbare Christenpflicht. Das haben die österreichischen Bischöfe immer wieder betont – in einem gemeinsamen Hirtenbrief aller Bischöfe zum Weltmissionssonntag am 19. Oktober 2014 und im darauffolgenden Jahr angesichts des stark angestiegenen Zustroms von Flüchtlingen aus den Krisen- und Kriegsgebieten Afrikas und des Orients. "Das Menschenrecht auf Asyl ist ein hohes Gut und eine völkerrechtliche Verpflichtung. Österreich darf dabei keine Abstriche zulassen", hielt die Bischofskonferenz in einer Erklärung bei der Vollversammlung in Mariazell (15.-17.6.2015) fest. Angesichts des Flüchtlingsdramas im Mittelmeer warnten die Bischöfe unter Bezug auf die Worte von Papst Franziskus bei dessen Besuch auf Lampedusa mehrfach vor einer "Globalisierung der Gleichgültigkeit".

Besonders in den Jahren 2015 und 2016 haben sich die Bischöfe für eine "breite Allianz aller gesellschaftlichen Kräfte, die sich für eine Willkommenskultur mit verzweifelten und Not leidenden Menschen einsetzen und konkret helfen wollen" ausgesprochen. In der Folge wurden zahlreiche Quartiere für Asylwerber und Flüchtlinge im kirchlichen Bereich bereitgestellt.

In ihren zahlreichen Stellungnahmen zu dieser Thematik haben die Bischöfe immer wieder eine Unterscheidung zwischen Asyl und Migration eingemahnt. Für das Menschenrecht auf Asyl müsse ein faires und individuelles Verfahren garantiert sein. Hinsichtlich der Zuwanderung liegt es aus Sicht der Bischöfe an den politischen Verantwortungsträgern, diesen Vorgang mit Augenmaß zu gestalten. Nötig sei dabei ein Gesamtkonzept von Integration, "das auf mehreren Säulen ruht: vor allem Bildung, Wohnraum, Beschäftigung, Mitbestimmung. Der Spracherwerb ist dabei ein Schlüsselthema", so die Bischofskonferenz beispielsweise in einer Erklärung nach der Vollversammlung im März 2010. Integration bezeichnen die Bischöfe als einen wechselseitigen Prozess, der "fördert und fordert"; er verlangt Anstrengungen von Seiten der Aufnahmegesellschaft und von Seiten der Zuwanderer. Bei einem Großteil der Zuwanderer - unter denen nicht wenige Katholiken sind – geschehe die Integration problemlos. Für eine gelingende Integration könne die Kirche mit den vielen anderssprachigen katholischen Gemeinden einen wichtigen Beitrag leisten, so die Bischöfe, die festhalten: "Eine Grundvoraussetzung für Integration ist freilich, dass Zuwanderer die unbedingte Geltung der Menschenrechte, der demokratischen Verfassung (Religionsfreiheit, Rechtsstaatlichkeit) und der gleichberechtigten Stellung von Mann und Frau anerkennen müssen."