Ausgelöst durch ein Verfahren vor dem Europäischen Gerichtshof für Menschenrechte (EGMR), in dem es um die Zulässigkeit von Kreuzen in Klassenzimmern in Italien ging, und im Zusammenhang mit einem ähnlichen Verfahren im Blick auf Kindergärten vor dem österreichischen Verfassungsgerichtshof (VfGH) nahm die Österreichische Bischofskonferenz mehrmals zu diesem Thema Stellung. Die Brisanz der Thematik bestand nicht nur in der Frage nach christlichen Symbolen in der Öffentlichkeit, sondern in grundsätzlichen Fragen zur Ausgestaltung der Religionsfreiheit und dem Verhältnis von Staat, Kirche und Religion.

Knapp nach dem ersten EGMR-Urteil, das im November 2009 im Verfahren "Lautsi versus Republik Italien" gegen das Kreuz im Klassenzimmer entschied, bezogen die Bischöfe deutlich dagegen Stellung. Kern der Kritik ist die Feststellung, dass der Gerichtshof in seinem Urteil bestimmte Aspekte der Religionsfreiheit "in doppelter Hinsicht zu Unrecht" bevorzuge, nämlich die individuelle gegenüber der kollektiven Seite der Religionsfreiheit sowie die negative gegenüber der positiven Dimension dieser Freiheit. Die Bischöfe warnten davor, dass diese "einseitige Sicht des Gerichtshofes" dazu führe, dass die individuelle Religionsfreiheit einzelner Personen das Recht auf kollektive, öffentliche Religionsübung aushöhlt, "was bislang nur in religionsfeindlichen totalitären politischen Systemen vorgekommen ist".

Religionsfreiheit bedeutet im Kern das Menschenrecht, die religiöse Überzeugung einzeln oder gemeinsam, sowohl privat als auch öffentlich auszuüben, betonten die Bischöfe und forderten wörtlich: "Diese positive Sicht der Religionsfreiheit muss auch in Zukunft garantiert sein." Die Bischöfe plädierten daher für eine "breite gesellschaftliche Allianz" all jener, denen das Kreuz als religiöses und kulturelles Symbol wertvoll ist und die Religion nicht aus dem öffentlichen Raum verbannt wissen wollen.

Ein religiös-weltanschaulich neutraler Staat dürfe nicht einem radikalen Laizismus verpflichtet sein, der in seiner strikten Ablehnung von Religion einen Absolutheitsanspruch stellt, hielten die Bischöfe fest. Da Religion wesentlich Werte und Sinn einbringt, trage sie zu jenen Voraussetzungen bei, von denen der demokratisch verfasste Staat lebt, ohne sie selbst erzeugen oder garantieren zu können. Deshalb betonten die Bischöfe: "Der moderne Staat ist daher, um tatsächlich neutral und unparteiisch zu sein, bestens beraten, Religion nicht gesellschaftlich zu marginalisieren, sondern ihr einen entsprechenden Platz auch im öffentlichen Raum zu sichern."

Die Bischöfe kritisierten die "radikale, feindselige Form" der Forderung nach "Trennung von Staat und Kirche" und plädierten für das "bewährte" österreichische Modell einer auf allen institutionellen Ebenen gegebenen "freundschaftlichen Trennung", "die sich durch Kooperation zum Wohl der Menschen auf vielen Gebieten auszeichnet". Diesem Prinzip entspreche nach Meinung der Bischöfe auch die in Österreich geltende Regelung, dass in jenen Schulen, in denen die Mehrheit der Schüler und Schülerinnen einem christlichen Bekenntnis angehört, in allen Klassenräumen ein Kreuz anzubringen ist. Hier sei das demokratische Mehrheitsprinzip leitend, keinesfalls gehe es um Intoleranz, so die Bischöfe.

Schließlich entschieden im März 2011 sowohl der EGMR in Straßburg als auch der österreichische Verfassungsgerichtshof, dass das Kreuz in der Schule bzw. im Kindergarten zulässig ist. In einer gemeinsamen Erklärung bewerteten die Bischöfe die beiden Urteile als "Stärkung des Menschenrechts auf Religionsfreiheit und eine Wahrung der Rechte von Eltern und Kindern auf religiöse Erziehung". Zudem werde das Kreuz als religiöses und kulturelles Symbol anerkannt, das in den vom Christentum geprägten Ländern Europas ein "wichtiges Element einer gemeinsamen Identität" ist. Die Bischöfe erinnerten an die Argumentation des EGMR, dass vom Kreuz kein Zwang ausgehe und es als "passives Symbol" nicht indoktriniere.

Die Bischöfe würdigten in diesem Zusammenhang den österreichischen Gesetzgeber. Dieser habe bereits in der Vergangenheit eine klare rechtliche Basis geschaffen. Diese biete für das Zusammenleben in einer pluralen und multireligiösen Gesellschaft einen verlässlichen Rahmen und ermögliche zugleich gelebte Toleranz.